校徽写意：

一、黑色图案：哲理钟楼（顶部楼垛、铜钟、钟亭）。象征莆田新民主主义革命发祥地。1926年2月，本校教师、共产党人陈国柱受中共中央委派，在本校仓后巷校区哲理钟楼建立中共莆田第一个地方组织，直属党中央领导。今为莆田市文物保护单位。

二、红色圆形及“福建省莆田哲理中学”拼音字母组合图案：太阳、光芒。象征本校以优良革命传统为代表的百余年丰厚文化积淀光辉照人。

三、幼苗图案：象征莘莘学子在本校丰厚文化积淀的阳光雨露滋润下更加茁壮成长。